Die Geschichte in Persona 5 handelt um eine Gruppe Highschool Studenten und ihre internen- und externen Problem. - Der Protagonist und eine Sammlung von Landsleuten die er trifft, ist das Hauptthema im Spiel. Durch das Gamplay zeigt es sich aber schnell, dass ein doppelt-leben als Phantom-Diebe geführt wird.
Sie leben eigentlich ein ganz normales leben auf einer Highschool in Tokio - gehen zu Schule, nehmen teil in verschiedene Aktivitäten und haben Teilzeitarbeit. Aber Sie kommen auch auf fantastische Abenteuer, wo Sie von jenseitige Kräften Gebrauch machen, um in dem Herzen des Leuten zu kommen. Die Kraft kommt von der "Persona" wie der Titel auch andeutet und von das Jungsche Konzept des "Selbst".
Die Helden im Spiel entdecken dass die Gemeinschaft dazu gezwungen wird, Masken zu tragen, damit ihre innere Verletzbarkeit Geschütz und eingesperrt ist. So bald die Masken aber abgerissen werden, ist es für den Helden möglich Menschen mit ihre inneren Problemen zu helfen.
Letztendlich versucht die Gruppe der Phantom-Diebe ihre tägliche Welt zu verändern, um die Wirklichkeit zu begegnen, die Masken zu sehen und um die Welt zu verändern.
