Die dramatische Geschichte eines Mannes, der sich in einem Dilemma befindet, wird in "Flammen über Virginia" mit großer Integrität und Tiefe erzählt. James Stewart spielt den Farmer Charlie Anderson aus Virginia zur Zeit des amerikanischen Bürgerkriegs. Er weigert sich, die Konföderierten zu unterstützen, weil er gegen die Sklaverei ist, aber er weigert sich auch, den Norden zu unterstützen, weil er ein entschiedener Gegner des Krieges ist.
Doch als sein Sohn gefangen genommen wird, macht er sich auf den Weg, um ihn zu befreien. Auf seinem Weg erlebt er die Schrecken des Krieges am eigenen Leib und ist schließlich gezwungen, sich für eine Seite zu entscheiden.
Im Commonwealth of Virginia im Jahr 1864, während des Bürgerkriegs, bewirtschaften der Familienpatriarch Charlie Anderson und seine sechs Söhne Jacob, John, James, Nathan, Henry und Boy (der 16 Jahre alt ist) die Familienfarm, während seine Tochter Jennie und seine Schwiegertochter Ann sich um den Haushalt kümmern. Die Familie hat keine Sklaven. Obwohl Charlie wöchentlich in die Kirche geht und sich selbst als "gottesfürchtigen" Mann betrachtet, rechnet er Gott nichts zu, sondern rechnet sich selbst etwas zu, vor allem beim Abendgebet. Innerlich macht er Gott dafür verantwortlich, dass ihm seine Frau weggenommen wurde. Seine Familie kommt regelmäßig zu spät zur Kirche und drängt die Leute von ihren Plätzen, um Platz für seine Familie zu machen, sehr zum Ärger des Predigers und der Gemeinde.
Charlie ist der Archetyp des rauen Individualisten. Obwohl um ihn herum seit etwa drei Jahren der Bürgerkrieg tobt und buchstäblich nur wenige Kilometer von seiner Farm entfernt gekämpft wird, kümmert er sich nicht um die Probleme oder um Loyalität, sondern nur um sein eigenes Wohlergehen und das seiner Familie. Charlies ältester Sohn Jacob will sich der konföderierten Armee anschließen, um Virginia zu verteidigen, aber Charlie sagt seiner Familie immer wieder, dass sie sich erst dann in den Krieg einmischen werden, wenn er sie direkt betrifft. Obwohl einige der Jungen mitmachen wollen, respektieren sie die Wünsche ihres Vaters und bleiben auf der Farm. Jennie wird von einem jungen konföderierten Offizier namens Sam umworben. Er will Jennie heiraten, und als Charlie sein Einverständnis gibt, findet die Hochzeit ein paar Tage später statt. Kaum ist das Eheversprechen gesprochen, meldet sich ein Korporal, der im hinteren Teil der Kirche gewartet hat, und verkündet, dass Sam sofort zurückbeordert wird. Sam reist ab, sehr zum Leidwesen seiner neuen Braut. Kurz nachdem Sam gegangen ist, setzen bei Ann die Wehen ein und sie bringt ein Mädchen zur Welt, das sie zu Ehren von Charlies verstorbener Frau Martha nennen.